2008年7月11日，全国政协副主席、科技部部长万钢同志和科技部党组书记、副部长李学勇同志率领科技部相关司局负责人走访了工程院。徐匡迪院长及潘云鹤常务副院长，邬贺铨、刘德培、杜祥琬、旭日干副院长等院领导接待了万钢一行。
　　万钢同志首先向我院领导介绍了国务院批准的科技部“三定”方案。据介绍，此次科技部新的“三定”方案体现了落实“十七大”关于科技体制改革的精神，重点是转变政府职能。其中取消、合并、调整了一批行政项目的审批职能，由原来的63项审批项目调整为现在19项。科技部今后的工作重点是转向以抓好 “863”、“973”和中长期科技规划；抓好与地方和行业部门相关的支撑体系建设；抓好省部会商机制的建立等科技宏观管理工作。突出加强统筹、协调，强化资源配置职能。
    在同我院领导交谈中，万刚同志说：今年两院院士大会上，胡锦涛总书记讲到两院是国家在科学技术和工程方面的最高咨询机构，是国家的科学技术思想库。为落实总书记的讲话精神，探索建设好思想库，科技部将建立同工程院的会商制度，充分发挥工程院的咨询功能作用，对科技重大专项实施过程进行咨询、监控和评估。为此，科技部拟加强同工程院的联系，建立部院会商机制。首先，科技部确定重大专项办公室作为今后联系工程院的职能部门，主要负责联系工程院对科技重大专项的启动进行咨询；第二，拟请工程院对每个重大专项的进展阶段进行分析、评估；第三，拟请工程院对科技重大专项的重点进行跟踪、并根据科技发展的变化提出动态调整意见和建议；第四，拟请工程院对科技重大专项实施全过程提出最终评估意见。
　　潘云鹤常务副院长、邬贺铨、刘德培、杜祥琬、旭日干副院长分别在座谈中就工程科技工作的发展和推动重大专项的实施等提出了不少建议，并对加强部院合作的建议给予了积极回应。
    徐匡迪院长代表工程院领导班子对科技部领导走访工程院表示热烈欢迎，对万钢同志和李学勇同志关于科技部“三定”方案的介绍和关于建立科技部同工程院会商机制的建议表示赞同。
    徐院长指出：第一，做好工程科技工作是工程院的义务。工程科技工作一直受到党中央、国务院的高度重视，我们现在正处于新中国成立以来的最好时期，国家对科技工作投入的力度前所未有，关键是我们科技界能否抓出成绩来。胡锦涛总书记在今年两院院士大会上提出：科学技术是第一生产力，是先进生产力的集中体现和主要标志，这是我们党对马克思主义关于科学技术和社会生产力理论的重大发展，是中国特色社会主义理论体系关于科技思想的基本观点。将科学技术是第一生产力提升到如此高度，极大丰富了建设中国特色社会主义科学发展观的理论，是中国共产党人对马克思主义理论的贡献。中央领导对我们科技界的期盼，全社会对我们科技界期望都很高，我们要有高度的责任感和神圣的使命感才能做好科技工作，才能不负党中央和全国人民的期望。第二，科技部作为国务院主管全国科技工作的职能部门，工程院一定会做好科技部的助手，是科技部依靠的支撑力量。第三，当前，做好重大专项工作是科技工作的重中之重，关键是要落实，工程院一定会配合科技部做好这项工作。第四，建立会商机制是很有必要的，也非常重要，希望今后长期坚持下去。工程院愿意积极配合，将工程院的咨询项目进展情况和咨询成果定期向科技部领导进行通报，同时根据科技部不同时期的工作重点和要求，提出咨询意见和建议。