为配合西部大开发战略和黄河中上游生态环境建设规划的实施，中国工程院于1999年初设立了"黄土高原生态环境建设与农业可持续发展战略研究"的咨询项目。30多位院士以及中央有关研究院所和陕、甘、宁、晋等黄土高原主要省区的专家参加了研究。历时两年，在黄土高原农业发展和生态环境建设的一些重要问题上取得共识，提出了意见和建议。国务院有关领导批示请国务院有关部委参考、研究。并抄送陕甘宁晋等黄土高原主要省区"。
　　如下是课题组提出的主要建议：
　　1、重视历史经验，坚持综合治理方针和生态优先的指导思想
　　黄土高原水土流失治理和生态环境建设的历史经验表明，以县为基本单位，以小流域为治理单元，以修建基本农田和发展经济果木为突破口，山、水、田、林、路、沟综合治理的做法是成功的，应当加以肯定。当前一些地方在指导与规划造林种草时综合治理思想体现不够，综合治理措施安排太少。为此，建议将治理建设重点放在"退耕还林还草"和"荒山绿化"的同时，必须坚持综合治理的方针。另外，鉴于客观上已经具备了大力实施生态环境建设的基本条件，建议在指导思想上，确立"生态优先"的黄土高原建设和开发原则。重大基础设施建设和资源开发项目必须实行严格的环境影响评价和建设中的生态补偿措施，在实施退耕还林还草过程中，退下来的坡耕地主要应作为营造水土保持林、灌、草的生态保护用地，规定在一定期限内不再进行任何方式的收获和采伐。对于一些地方将牧荒坡地翻耕改种经济林果、药材，甚至粮食，将天然植被变为生产用地的现象，应考虑其可能产生的不良后果并加以控制。
　　2、必须十分重视对天然植被的保护封育，把它放在与退耕还林还草同等重要的位置。
　　黄土高原需要治理的面积很大，除坡耕地外，天然草场(牧荒坡)平均占到水土流失严重地区土地面积的1／4强，大部退化严重，如不切实加以保护和治理，仅靠人工营造，难以从根本上解决水土流失问题；另外，水土流失严重区的大部属典型半干旱区，目前人工造林保存率较低，人工种草虽受水分条件限制较小，但由于受种植制度、农业结构、市场等因素制约，真正能够持续的更少。相比之下，保护和恢复天然林草植被的措施就比较简单，最主要的一条是封育，其次是补播、补植。应有效强化对天然植被的保护和改良。
　　3、积极引导，重点扶持，逐步建立畜牧业主导产业
　　黄土高原地区是适合于广泛发展林草的地方，草地畜牧业和农区畜牧业的有机结合应成为这一地区的重要产业。畜牧业的发展也将为农业产业结构的调整和形成该地区新的经济增长点提供基础条件。同时也将使提倡种草与发展畜牧紧密结合起来，从而使退耕种草措施得以巩固，这是多年的经验与教训，应认真吸取。目前黄土高原畜牧业产值仅占农业总产值的20％左右，发展潜力是巨大的。为此，建议设立黄土高原草畜业建设专门机构，着眼于建立农-草一畜业(包括加工、流通)的绿色生产系统，并采取积极引导，重点扶植，先行试点，逐步推行的方针，抓好这件关系黄土高原发展全局的大事。
　　4、加强和改进生态环境建设项目和资金管理办法，充分发挥科技支撑作用
　　目前，生态环境建设资金存在条块分割、各自为政、投资效率不高、统计数据重复、容易为腐败现象提供条件等问题。为贯彻生态系统恢复与重建的"整体性"原则，建议在生态环境脆弱区、恶化区，设立专职机构，加强统一规划和管理，避免重复投资，重复统计，重复估算治理效益的弊端。对于纳入国家重点生态环境建设计划的项目，按基本建设要求，严格立项与实施手续。重大项目与投资，应建立首席科学家或工程师负责制，保证科学规划、科学投入、科学治理。