根据《中共中央办公厅 国务院办公厅关于印发〈中国工程院职能配置、内设机构和人员编制规定〉的通知》（厅字〔2021〕25号）文件精神，院机关内设机构及各部门主要职能如下。

    （一）办公厅（机关党委）：下设院长办公室（督查督办室），机关党委办公室，机关纪委办公室，行政后勤处（综合处），宣传与政策研究处（新闻办公室），组织人事处（退休干部处），财务处，信息化建设处。负责机关日常运转，承担文秘、信息、安全、机要、保密、档案、督办、信访、新闻宣传、政务公开、财务、资产管理、内部审计、后勤管理等工作；负责机关和直属单位的干部人事、机构编制、离退休干部等工作；承担机关党委、机关纪委的日常工作。

    （二）一局：下设增选与院士工作处（综合处），科学道德与院士监督处，信息与电子工程学部办公室，环境与轻纺工程学部办公室，农业学部办公室。负责全院院士队伍建设统筹协调工作；拟定院士增选相关政策，承担组织开展全院院士增选和退出工作；承担院士队伍作风和学风建设工作；承担所联系学部的服务和管理工作。

    （三）二局：下设教育处（综合处），咨询与评估处，机械与运载工程学部办公室，化工、冶金与材料工程学部办公室，能源与矿业工程学部办公室。负责全院战略咨询研究与评估工作的归口管理；研究拟订相关政策和管理办法草案，拟订相关工作规划计划草案，统筹推进规划计划的实施和绩效评估；承担所联系学部的服务和管理工作。

    （四）三局：下设学术与出版处（综合处），科技合作处，土木、水利与建筑工程学部办公室，医药卫生学部办公室，工程管理学部办公室。负责全院科技合作、学术活动和出版工作的归口管理；负责统筹院部、院地、院企等合作；拟订学术活动年度计划草案；牵头组织刊物建设及相关出版工作；承担所联系学部的服务和管理工作。

    （五）国际合作局（港澳台办公室）：下设综合处，一处，二处。负责组织开展相关国际组织活动和有关国际学术交流合作活动；联系服务外籍院士；承担涉港澳台地区的学术交流与合作事宜。

    根据中央机构编制委员会办公室《关于中国工程院咨询服务中心机构编制的批复》（中央编办复字〔2008〕92号）和《中央编办关于中国工程院咨询服务中心更名为中国工程院战略咨询中心的批复》（中央编办复字〔2016〕46号）精神，中国工程院下设战略咨询中心，为隶属于中国工程院的司局级二级机构，主要职能是围绕工程科技服务经济社会科学发展，发展持续性、储备性、前瞻性战略研究，积极探索现代智库国际合作交流和科学研究方法，承担跨领域的专业化咨询研究、项目管理、信息保障及人才培养等工作。